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為方便居住屏東地區民眾轉乘高鐵，台鐵將在4月27日零時起小改點，15班自強號增停新左營站，並將2班原終點高雄自強號延長行駛至屏東站，調整後高鐵所有29班直達車，於新左營站轉乘台鐵時間均可於15分鐘以內完成。另六家、沙崙、集集支線與豐富站，微幅調整37班區間車時刻，以方便兩鐵轉乘。
台鐵4月27日小改點，共95班次針對行車時刻做調整，51班改點影響時間超過5分鐘以上，為接駁高鐵，也將有15班自強號將增停新左營站，另接駁高鐵的六家、沙崙等支線也有37班將調整時刻。台鐵公告，為便利花東旅客自南港站轉乘高鐵至西部地區，除跨線列車、、晨夜間無法轉乘高鐵之班次外，普悠瑪及太魯閣號全部增停南港站。另自4月27日起，南港－潮州間110次及133次普悠瑪號直達車，由現行假日行駛改為每日行駛。
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至於票價方面，交通部長賀陳旦要求台鐵在三個月內提出「票價結構合理化調整方案」。賀陳旦指出，台鐵十年前曾提報票價調整案送行政院核准，但遇上金融風暴未執行。台鐵票價長期低廉，不易改善措施、調整薪資，成為惡性循環，應該要有所檢討。
台鐵運務處長張錦松指出。消費者物價指數、原物料價格在十年間已有變化，人事、修護、油價及折舊保養等成本結構也有不同。「十年來變化太大仍須重新檢討，但除了合理化調整外也會研議優惠措施，包含對重度使用者、每日通行者等提供優惠，未來也將考量尖離峰差別費率，如紅眼列車等。」
