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為專業與有效解決商業紛爭，司法改革第二分組會議提出決議，建議司法院未來能設立商業法院、稅務法院與勞動法庭。此外，分組員更建請司法院於訴訟金字塔制度完成五年內，推行三終審法院的金字塔組織，最終達成釋字第第530號解釋願景。
針對法務部質疑司法院行使司法行政權，兼具法律提案權導致政策出現瑕疵。不僅出現刑事訴訟法的法制不完備，更讓被判有罪的被告潛逃海外免受法律制裁。法務部因此數次要求具有法案提案權的司法院修正刑事訴訟羈押制度，但院內部頻頻發生政策爭執。法務部提出司法院未來若要審判機關化，就不適合再兼有法案提案權。
經過與會委員討論後，決議達成司法院審判機關化前，司法院提案修法送行政院會銜前，應先與法務部充分溝通法案。若能依照此作法執行，想必將能減少送往立法院審法案時再起爭議，讓法案順利通過結案。
根據與會委員指稱，太平洋股權爭議從2002年發生至今，已出現逾百件官司案件。目前更有日月光與矽品、台新金與彰銀、大同公司董事提名權爭議等等。當局統計數據發現，商業案件打到二審法院，平均都需要耗費471天，而商業案件具有專業性與技術性，因此建議司法院成立商業院，並專屬管轄公司法、證交法、企業併購法、金控法、證期法令等案件。
